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Mol Plant:福建农林大学王宗华课题组等打造稻瘟病菌精细参考博狗官方中文德州扑克论坛组

摘要 : 2017年8月22日,国际著名学术杂志《Cell》子刊《Molecular Plant》杂志在线发表了福建农林大学闽台作物有害博狗官方网站首页生态防控国家重点实验室王宗华博狗官方网站题为“PacBio Sequencing Reveals Transposable Element as a Key Contributor to Genomic Plasticity and Virulence Variation in Magnaporthe oryzae”的研究论文(Letter)
2017年8月22日,国际著名学术杂志《Cell》子刊《Molecular Plant》杂志在线发表了福建农林大学闽台作物有害博狗官方网站首页生态防控国家重点实验室王宗华博狗官方网站题为“PacBio Sequencing Reveals Transposable Element as a Key Contributor to Genomic Plasticity and Virulence Variation in Magnaporthe oryzae”的研究论文(Letter)。该论文利用PacBio单分子实时测序技术打造稻瘟病菌精细参考博狗官方中文德州扑克论坛组,揭示了转座子是稻瘟菌博狗官方中文德州扑克论坛组和毒力变异的关键因子,为稻瘟病防控和稻瘟病菌功能博狗官方中文德州扑克论坛组研究提供了宝贵资源。鲍坚东、陈美莲、钟振晖和汤蔚为论文共同第一作者,共同通讯作者是王宗华、王宝华和Justice Norvienyeku。 稻瘟病菌是世界危害最大的植物病原真菌之一,它引起的稻瘟病严重威胁着水稻等谷类作物的安全生产。博狗官方中文德州扑克论坛组测序是解析稻瘟病菌的宿主跃迁和毒性变异机制的关键,陆续已经有近70个菌株博狗官方中文德州扑克论坛组被测序,但这些博狗官方中文德州扑克论坛组都是有大量空缺的草图,制约了稻瘟病菌比较博狗官方中文德州扑克论坛组和功能博狗官方中文德州扑克论坛组学的研究。 稻瘟病菌是一种半活体寄生丝状子囊真菌,它引起的稻瘟病每年导致水稻减产10%~30%,最近发现它还能侵染小麦,导致南美地区麦瘟大流行,并已扩散到南亚的孟加拉国等地,严重威胁世界粮食生产安全。稻瘟病菌以毒性变异迅速著称,为了解析它的致病机理和毒性变异机制,陆续已经在NCBI博狗官方中文德州扑克论坛组数据库登录了66个菌株博狗官方中文德州扑克论坛组。但是,目前的参考博狗官方中文德州扑克论坛组混杂有草瘟背景,而其他二代测序博狗官方中文德州扑克论坛组都是高度片段化的草图,且缺乏完整转座子等重复序列信息,不是理想的参考博狗官方中文德州扑克论坛组。 为解决这个问题,该研究团队利用福建农林大学博狗官方中文德州扑克论坛组中心PacBio单分子实时测序平台,完成了稻瘟病菌菌株FJ81278(来自福建)和Guy11(来自法属圭亚那)的博狗官方中文德州扑克论坛组组装。PacBio测序显着提高了博狗官方中文德州扑克论坛组质量,总博狗官方中文德州扑克论坛组大小比参考博狗官方中文德州扑克论坛组70-15增大了约10%,主要是重复序列,并填补了参考博狗官方中文德州扑克论坛组约70%的空隙。与Illunima测序博狗官方中文德州扑克论坛组相比,PacBio测序博狗官方中文德州扑克论坛组的N50增加了约20倍,重叠群(Contig)数量减少了约95%。群体博狗官方中文德州扑克论坛组分析显示分泌蛋白富集在谱系特异区(lineage-specific regions)而不是菌株特异区(isolatespecific regions),而谱系特异区富含重复序列,进一步全博狗官方中文德州扑克论坛组水平关联分析显示转座子关联的分泌蛋白水平显著高于非分泌蛋白,其中Pot2是插入分泌蛋白附近频率最高的转座子而Pot3是分泌蛋白与非分泌蛋白差异显著的转座子。此外,染色体重组位点附近也是转座子富集区(图1)。因此,转座子是稻瘟菌博狗官方中文德州扑克论坛组和毒性变异的主要驱动力。 1303838e-f7a7-4a7d-800d-4f913151819a 图1. 稻瘟菌全博狗官方中文德州扑克论坛组水平转座子与分泌蛋白分布和染色体重组关联分析。(A)染色体(B) 分泌蛋白分布。(C)博狗官方中文德州扑克论坛分布。(D)转座子分布。(E)染色体间重组事件。(F)分泌蛋白富集在谱系特异区(lineage-specific regions)而不是菌株特异区(isolatespecific regions)。(G)转座子与分泌蛋白紧密关联。(H)全博狗官方中文德州扑克论坛组联配。(I)转座子介导染色体重组事件举例。 原文链接:   PacBio Sequencing Reveals Transposable Element as a Key Contributor to Genomic Plasticity and Virulence Variation in Magnaporthe oryzae 来源: Molecular Plant 浏览次数:0
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